Ο Γέροντας Πορφύριος πέρα από την αρχική ασθένειά του, εξαιτίας της οποίας και βγήκε από το Άγιον Όρος, δοκιμάσθηκε και με πολλές άλλες, κατά καιρούς, ασθένειες. Προς το τέλος της υπηρεσίας του στην Πολυκλινική αρρώστησε από πάθηση των νεφρών και εγχειρίσθηκε πολύ καθυστερημένα. Αυτό έγινε, διότι εργαζόταν ακούραστα, παρά την ασθένειά του. Είχε συνηθίσει να υπακούει “μέχρι θανάτου” και έτσι υπάκουσε ακόμη και στο Διευθυντή της Πολυκλινικής, ο οποίος του είπε να αναβάλει την εγχείρηση, για να να εκτελέσει τις Ακολουθίες της Μεγάλης Εβδομάδος… Το αποτέλεσμα ήταν να περιέλθει σε κωματώδη κατάσταση και να ειδοποιηθούν οι οικείοι του από τους ιατρούς να μεριμνήσουν για την κηδεία του. Αλλά ο Γέροντας επανήλθε στην κατά σάρκα ζωή, για να συνεχίσει να υπηρετεί το πλήρωμα της Εκκλησίας. Παλαιότερα είχε υποστεί και κάταγμα του ποδιού, για το οποίο διηγήθηκε ένα θαυμαστό γεγονός μερίμνης γι’ αυτόν του Αγίου Γερασίμου, στο ναΰδριο του οποίου, στην Πολυκλινική, ιερουργούσε. Επίσης, λόγω των κόπων του κατά τη μεταφορά βαριών φορτίων στο σπίτι του στα Τουρκοβούνια, όπου έμενε για πολλά χρόνια, επεδεινώθη η κήλη του, από την οποία πολύ εταλαιπωρείτο μέχρι της κοιμήσεώς του. Στις 20.8.1978, ευρισκόμενος στον Άγιο Νικόλαο Καλλισίων, υπέστη έφραγμα του μυοκαρδίου και μεταφέρθηκε επειγόντως στο νοσηλευτήριο “Υγεία”, όπου ενοσηλεύθη επί 20ήμερον. Όταν βγήκε από την κλινική, συνέχισε τη νοσηλεία του σε σπίτια μερικών πνευματικών του παιδιών μέσα στην Αθήνα, γιατί στον Άγιο Νικόλαο Καλλισίων δεν μπορούσε να μεταβεί ελλείψει δρόμου, αφού έπρεπε να διανύσει πεζός μεγάλη απόσταση, ενώ το σπίτι του στα Τουρκοβούνια δεν παρείχε ούτε τις στοιχειωδέστερες ανέσεις και, ακόμα, γιατί έπρεπε να είναι κοντά στους γιατρούς. Αργότερα, όταν πλέον είχε εγκατασταθεί σε προχειρότατο οικίσκο του κατασκευαζομένου στο Μήλεσι μετοχίου του Ησυχαστηρίου που είχε ιδρύσει, υποβλήθηκε σε εγχείρηση καταρράκτη στο αριστερό μάτι και από σφάλμα του γιατρού καταστράφηκε το μάτι και μετά από λίγα χρόνια (1987) ο Γέροντας τυφλώθηκε εντελώς. Κατά τη διάρκεια της εγχειρήσεως ο γιατρός, χωρίς την έγκριση του Γέροντα, που είχε ιδιαίτερη ευαισθησία στα φάρμακα και ακόμη μεγαλύτερη στην κορτιζόνη, του έκανε ένεση ισχυρής δόσεως κορτιζόνης. Συνέπεια αυτού ήταν ότι υπέστη μετά από λίγο χρόνο συνεχείς γαστρορραγίες που επαναλαμβανόντουσαν επί τρίμηνον και πλέον. Εξαιτίας της καταστάσεως αυτής δεν μπορούσε να τραφεί κανονικά και διατηρήθηκε με μερικές κουταλιές γάλα και νερό την ημέρα, με αποτέλεσμα να φτάσει στον έσχατο βαθμό της εξαντλήσεως, μέχρι σημείου να μη μπορεί ούτε καθιστός να σταθεί. Του έγιναν περίπου 12 μεταγγίσεις, όλες στο κατάλυμά του στο Μήλεσι και τελικώς επεβίωσε, χάριτι Θεού, παρ’ όλον ότι και πάλι δρασκέλισε το κατώφλι του θανάτου. Έπασχε επίσης από σταφυλοκοκκική δερματίτιδα στο χέρι, χρονία βρογχίτιδα και αδένωμα (καρκίνο) της υποφύσεως στο κρανίο. Από τότε διεταράχθη σφοδρά η σωματική του υγεία, αλλά συνέχισε το έργο του πνευματικού συμβούλου και, όσο μπορούσε, του εξομολόγου, διεκπεραιώνοντας αυτά πάρα πολλές φορές μέσα σε φρικτούς πόνους. Αποκαλυπτική και συγκλονιστική μαρτυρία για τις ασθένειες και την ιώβειο υπομονή του Γέροντα απέναντι σ’ αυτές αποτελεί η επιστολή του Γεωργίου Παπαζάχου (περιοδ. Σύναξη, Ιαν.-Μάρτιος 2002, σελ. 93-97), επίκουρου Καθηγητή της Καρδιολογίας στο Πανεπιστήμιο Αθηνών και θεράποντος ιατρού του Γέροντος Πορφυρίου.