Ενώ η λαίλαπα του δευτέρου παγκοσμίου πολέμου προσήγγιζε την Ελλάδα, ο πανάγαθος Κύριος επιστράτευσε τον πιστό δούλο του Πορφύριο σε νέα υπηρεσία, πλησιέστερη προς το δοκιμαζόμενο λαό του. Από τις 12 Οκτωβρίου 1940 του ανατέθηκαν καθήκοντα προσωρινού εφημέριου στο παρεκκλήσι του Αγίου Γερασίμου της Πολυκλινικής Αθηνών, που βρίσκεται στη γωνία των οδών Σωκράτους και Πειραιώς, δίπλα στην Ομόνοια. Στη θέση αυτή ζήτησε ο ίδιος να διορισθεί, διότι, από μεγάλη και σφοδρή αγάπη προς τον πάσχοντα συνάνθρωπο, ήθελε να βρίσκεται κοντά του στις δυσκολότερες στιγμές της ζωής του, όταν ο πόνος και η νόσος και ο επικείμενος θάνατος απεδείκνυαν άχρηστες όλες τις άλλες ελπίδες, εκτός της ελπίδας του Χριστού. Για το διορισμό στη θέση αυτή υπήρχε και άλλος ενδιαφερόμενος με μεγάλα τυπικά προσόντα, αλλά ο Κύριος φώτισε το διευθύνοντα στην Πολυκλινική να προτιμήσει τον αγράμματο κατά κόσμον και σοφό κατά Θεόν, ταπεινό, αλλά χαριτωμένο Πορφύριο. Για την εκλογή του αυτή ο επιλέξας έχαιρε αργότερα και διηγείτο έκθαμβος ότι βρήκε αληθινό ιερέα λέγοντας: “Βρήκα παπά τέλειο, όπως τον θέλει ο Χριστός”. Στην Πολυκλινική άσκησε τα καθήκοντα του εφημέριου επί τριάντα συνεχή έτη ως εν ενεργεία εφημέριος και επί τρία εν συνεχεία οικειοθελώς και περιορισμένος κάπως, προς εξυπηρέτηση των αναζητούντων αυτών εκεί πνευματικών του τέκνων. Ασκήθηκε συνολικά 33 έτη στην έρημο της Ομονοίας, όπως έλεγε ο ίδιος, αντί της ερήμου του Αγίου Όρους, όπως ποθούσε η ψυχή του. Εδώ, παραλλήλως προς το έργο του εφημερίου, το οποίο ασκούσε με τέλεια ευλάβεια και αφοσίωση, τελώντας με θαυμαστή ιεροπρέπεια της εκκλησιαστικές ακολουθίες, εξομολογώντας, νουθετώντας και θεραπεύοντας τις ψυχικές και πολλάκις και τις σωματικές αρρώστιες των ασθενών, ασκούσε και το έργο του πνευματικού για όλους όσους πήγαιναν σ’ αυτόν. “Ταις χρείαις μου και τοις ούσιν μετ’ εμού υπηρέτησαν αι χείρες αύται” (Πράξ., κ΄, 34) Ο Γέροντας Πορφύριος, ελλείψει τυπικών προσόντων, ελάμβανε ως εφημέριος της Πολυκλινικής γλισχρότατες αποδοχές, οι οποίες δεν επαρκούσαν για τη συντήρηση τόσο του εαυτού του, όσον και των γονέων του και μερικών άλλων στενών οικείων του, των οποίων την προστασία είχε αναλάβει. Γι’ αυτό αναγκάσθηκε να εργασθεί βιοποριστικά και οργάνωσε μαζί τους διαδοχικά ορνιθοτροφείο και πλεκτήριο. Επιπλέον, από ζήλο για τη μυσταγωγικότερη τέλεση των ιερών ακολουθιών, επιδόθηκε στη σύνθεση αρωμάτων, καταλλήλων για την παρασκευή του χρησιμοποιουμένου στη θεία λατρεία μοσχοθυμιάματος, επιτυγχάνοντας άριστα αποτελέσματα. Μάλιστα, κατά την δεκαπενταετία του 1970 είχε επιτύχει την πρωτότυπη εφεύρεση, να ενοποιήσει το καρβουνάκι με το άρωμα του θυμιάματος και να θυμιατίζει μόνο με το ιδικής του συνθέσεως σιγοκαίον καρβουνάκι, το οποίο απέπνεε πνοή ευωδίας πνευματικής.